办公室：
综合协调单位日常政务，负责公文处理、机要、保密、宣传工作；负责档案管理、车辆管理、网络管理、办公自动化和新闻发布工作；承办及协助有关会议工作。
组织人事科：
所党总支日常办事机构，负责组织、人事、纪检、宣传、统战、老干、老协、法治、控烟及团支部等工作，负责督查督办党总支各项工作部署。
财务科：
负责本所的财务管理、监督和会计核算工作。
总务科：
负责全所后勤保障,根据单位基本建设规划，负责新建、改建、扩建建设工程项目和基础设施工程项目的组织实施及管理工作。
区县科：
负责全市结核病防治规划管理、技术指导，结核病项目管理；开展结核病防治技术相关培训及免费抗结核药品管理；负责全市结核病的监控与评价及疫情处置。
检验科：
负责全市结核病控制实验室技术指导、质量控制、人才培养、科学研究及临床检验等工作。
综合科：
开展单位结核病门诊日常医疗工作，每周1、2和5开展PPD试验；组织开展全市结核病防治健康促进工作。
医教科：
负责所内医疗质量、应急、保险工作；负责病案统计、医院感染管理、科研、继续医学教育、卫生统计网络直报；重庆市防痨协会日常工作。
保卫科：
负责所内防火、防盗、信访等安全保卫工作，开展相关安全培训及演练，巡视重点部门，消除安全隐患，落实安全措施。
